Chers amis,
Ebola, grippes aviaires, sida… Les virus, s’ils ne sont pas reproduits par l’homme, émergent du règne animal. Le Covid-19 est lui aussi un virus zoonotique, parce qu’il se transmet d’abord d’un animal à l’homme avant la contamination interhumaine.
D’où viennent ces virus ? Et surtout, pourquoi émergent-ils plus souvent aujourd’hui ?
Trouver l’animal à l’origine du virus
Un virus se développe dans les cellules d’un « réservoir naturel », c’est-à-dire d’un animal à l’origine du virus.
Les oiseaux sont ainsi à l’origine des grippes aviaires (ces virus dont le nom se compose de H et N : H1N1, H7N9…), les chauves-souris sont à la tête d’un palmarès plus diversifié : virus de la rage, Ebola (qui a sévi en 2005), les henipavirus et puis les coronavirus (MERS, SRAS).
Rappelons que les chauves-souris représentent 1/5ème des mammifères sur terre ! Les scientifiques ne cessent de découvrir de nouveaux agents pathogènes dans les prélèvements de diverses espèces de chiroptères.
La chauve-souris est un porteur sain du virus, c’est-à-dire qu’elle héberge des agents pathogènes qui ne l’affectent pas. Les scientifiques l’expliquent par son système immunitaire hors norme, ce qui lui permet de vivre étonnamment longtemps pour un mammifère de petite taille[1].
L’animal à l’origine d’un virus peut infecter directement l’homme, mais aussi indirectement via des hôtes intermédiaires. Seulement, le rôle de ces animaux dans la chaîne de transmission est encore méconnu.
Tel a été le cas pour le virulent virus Marburg (famille d’Ebola), identifié pour la première fois en 1967 en Allemagne. Des singes verts contaminés avaient été importés d’Ouganda pour des recherches en laboratoire sur leurs cellules rénales[2]. Mais il semble que le virus provenait d’abord des chauves-souris. D’ailleurs, des individus avaient été directement contaminés par des chiroptères dans des grottes au Kenya.
Même chose pour l’épidémie du MERS-COV en Arabie Saoudite en 2012 : qui de la chauve-souris ou du dromadaire en était la cause ? Certes, les dromadaires étaient la principale source de contamination (bien plus grave que la transmission interhumaine), mais le génome du virus s’apparentait davantage à celui de la chauve-souris.
Quel est le rôle des hôtes intermédiaires ?
À chaque nouvelle épidémie, les chercheurs tentent d’identifier LE coupable du virus.
Ils étudient les souches du virus présentes chez les animaux incriminés. Mais comme les transmissions inter-espèces s’accompagnent de modification du génome viral, l’étude scientifique s’apparente vite à une enquête particulièrement ardue. Difficile de distinguer le “coupable” des autres espèces qui ont pu, elles aussi, transmettre le virus… Les chercheurs retracent alors son histoire en analysant la mémoire contenue dans ces cellules souches.
Après l’épidémie de SRAS, une étude[3] en 2015 a émis diverses hypothèses sur le rôle des animaux genèses des coronavirus :
- Un hôte intermédiaire est nécessaire pour que le virus se transmette de l’animal source à l’homme ;
- L’animal source contamine directement l’être humain. Un hôte secondaire joue néanmoins un rôle de réservoir, favorisant le maintien de l’infection animale et humaine. Mais cet hôte secondaire n’est pas nécessaire à la contamination directe de l’animal source à l’homme.
- Il n’y a pas d’hôte intermédiaire : l’animal source contamine directement l’être humain grâce à une adaptation du virus (qui trouve LA combinaison pour intégrer les cellules humaines). Le virus n’a pas besoin de l’appui d’hôtes secondaires pour devenir dangereux, il l’est déjà.
Comme le soulignent les rapports de l’OMS à chaque épidémie, le rôle précis que jouent ces animaux intermédiaires/secondaires dans la transmission d’un virus et le mode exact de transmission ne sont pas encore connus.
Concernant le Sars-CoV-2, l’étude de son génome confirme qu’il s’agit d’un virus proche à 96,2 % d’un coronavirus présent chez la chauve-souris. [4]
Mais de nombreux animaux, à commencer par les serpents, puis les civettes masquées et les pangolins, ont tous été étudiés comme intermédiaires probables. Mardi 14 avril, un biologiste de l’Université d’Ottawa a même suggéré la piste des chiens errants[5].
Pourquoi l’homme favorise-t-il la transmission d’un virus ?
Dans un reportage de 2014 sur Arte[6], le Dr Peter Daszac présentait l’objectif d’Eco Health Alliance dont il est le président : identifier les points chauds de la planète où peuvent se transmettre les virus des animaux sauvages aux hommes et/ou aux animaux domestiques.
Pour cela, les scientifiques étudient tout particulièrement :
- Les marchés avec des animaux : le trafic d’animaux exotiques dans les marchés favorise les zoonoses (maladies qui peuvent se transmettre de l’animal à l’homme et inversement). Les animaux sauvages vivants peuvent transmettre le virus aux animaux domestiques ou aux hommes. C’est le cas du pangolin (l’animal en voie d’extinction le plus braconné au monde devant l’éléphant et le rhinocéros), ou des singes, par exemple, dans certains pays d’Afrique.
- La déforestation : l’urbanisation s’étale dans les endroits les plus reculés, ce qui encourage le contact avec les animaux sauvages. Inversement, les animaux sauvages, chassés de leur habitat naturel déforesté, investissent de plus en plus les territoires habités.
- L’élevage intensif : en Chine, les fermes sont excentrées et les élevages de volaille sont en extérieur, favorisant ainsi le contact avec les oiseaux sauvages. C’est ce qui explique les grippes aviaires H1N1 et H7N9, dont le Vietnam se protège en ayant interrompu toute exportation de volaille avec la Chine.
En fait, les virus naissent là où le développement économique rapproche les humains de la faune. Selon l’Institut Pasteur, c’est à cause du commerce le long de la route de la soie que le virus des rongeurs, la peste noire, a pu atteindre autant d’hommes au XIVème siècle (environ 50 millions de morts)[7].
Le reportage d’Arte avance également une autre piste : la pollution sonore des villes provoquerait un stress chez les chauves-souris, ce qui altérerait leur système immunitaire. Elles produiraient alors plus de virus qu’auparavant…
La surveillance attentive des scientifiques (et de l’OMS) et le respect de la faune sauvage par les êtres humains sont donc les principaux enjeux pour limiter les risques de nouvelles flambées d’épidémies comme celle que nous vivons actuellement.
Portez-vous bien,
Catherine
[1] Lenke Coralie, “Coronavirus : une étude révèle pourquoi les chauves-souris transportent des virus si dangereux”, le 11 février 2020 sur sciencesetavenir.fr, consulté le 17 avril 2020 et disponible ici : https://www.sciencesetavenir.fr/sante/coronavirus-une-etude-revele-pourquoi-les-chauve-souris-transportent-des-virus-si-dangereux_141413
[2] “Maladie à virus de Marburg”, sur le site de l’Organisation Mondiale de la Santé, who.int, disponible ici : https://www.who.int/csr/disease/marburg/fr/
[3] Menachery VD et al. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nature Medicine, 2015, 21:1508-1513.
[4] Brugère-Picoux Jeanne, “Epidémie de Wuhan : un virus proche à 96 % du coronavirus présent chez la chauve-souris”, le 31 janvier 2020 sur le site de l’Association Française pour l’avancement des sciences asaf.fr, consulté le 17 avril 2020 et disponible ici : http://www.afas.fr/epidemie-de-wuhan-virus-proche-a-96-coronavirus-present-chez-chauve-souris/
[5] Presse Universitaire d’Oxford, “Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic”, le 14 avril 2020 sur medicalxpress.com, consulté le 17 avril 2020 et disponible ici :
[6] “Epidémie : la menace invidible (rediffusion de 2014)” disponible sur le site d’ARTE, arte.tv, jusqu’au 31 mai 2020, visionné le 16 avril 2020, accessible sur ce lien : https://www.arte.tv/fr/videos/050590-000-A/epidemies-la-menace-invisible-rediffusion-de-2014/
[7] Mulot Rachel, “Peste noire : et si c’était la faute de la grande gerbille ?”, le 24 février 2015 sur sciencesetavenir.fr, consulté le 16 avril 2020 et disponible ici : https://www.sciencesetavenir.fr/sante/peste-noire-et-si-c-etait-la-faute-de-la-grande-gerbille_28638